Ver Evangelion Online - Capítulo 21 - El nacimiento de Nerv - Neon Génesis Evangelion.

El asistente de Gendou, Fuyutzuki, es secuestrado por Kaji por órdenes de SEELE. Es entonces cuando se empieza a conocer parte de la historia de NERV. Antes de su trabajo, Fuyutzuki era un profesor de Universidad, al parecer enseñaba una especie de Química y Física unidas y al parecer Yui era una de sus mejores estudiantes y amigas. En el año 2001 se casan Gendou Rokubungi y Yui Ikari, cosa que a Fuyutsuki no le gusto, pues Gendou era un chico problemático y él lo tuvo que ayudar mas de una vez. Cuando se casan Gendou se cambia el apellido por el de su esposa y tienen a un hijo, Shinji. En el 2003 se ve a la doctora Naoko Akagi (la madre de Ritsuko) que construye a las computadoras MAGI, ella junto con Gendou le muestran a Fuyutsuki el proyecto para revivir a Adam. En el año 2004 finalizan la construcción de la unidad Eva 01, la piloto es Yui Ikari, pero por desgracia tiene una sincronización del 400% y se fusiona con el Eva. Naoko entonces decide no querer rescatarla por que siente algo por Gendou, el esposo de Yui; es así como la madre de Shinji "muere". También se ve que en el 2010 Gendo lleva al cuartel a una niña que parece su hija (de hecho se parece a Yui), ésta es el primer clon de Rei, pero muere ahorcada en las manos de la doctora Naoko ; después de matarla Naoko se suicidó. Una vez que regresan al 2015 Kaji libera a Fuyutzuki y después es asesinado, al parecer, por la misma Misato, quien no aguanta el llanto